Okulumuz adını ilçenin adından almıştır. 1969 Yılında Ortaokul olarak açılmış, eski İlkokul binasında Eğitim Öğretime başlamıştır. Ortaokul binasının yapımına 1969 yılında Koruma Derneğince başlanmıştır. Bir kat olarak Koruma Derneğince yapılan binanın 2.Katının yapımına 1973 yılında Bakanlıkça başlanmış ve 1974 yılında tamamlanmıştır.
1986 Yılında Lise açılmış ve Karpuzlu Ortaokulu, Karpuzlu Lisesi olmuştur. Bu şekilde eğitim öğretim faaliyetlerini şu anki Şehit Şenol Akar İlköğretim Okulunun bahçesinde bulunan ve yıkılan eski binada sürdüren lisemiz ilk mezunlarını 1988-1989 Eğitim Öğretim yılında vermiştir.
1991-1992 Eğitim Öğretim yılının 2. döneminde; şimdiki Şehit Şenol Akar ilköğretim Okulu binası, Karpuzlu Lisesi Binası olarak hizmete girmiştir.
1992-1993 Eğitim Öğretim yılında Karpuzlu İlkokulu, Şehit Şenol Akar İlköğretim Okulu adını almış ve Karpuzlu Lisesi'nin bulunduğu şimdiki Şehit Şenol Akar İlköğretim Okulu binasına taşınmıştır. Karpuzlu Lisesinin bünyesinde bulunan 6. , 7. ve 8. Sınıflar Şehit Şenol Akar İlköğretim Okulu'na nakledilmiştir. Karpuzlu Lisesi de eski Karpuzlu İlkokuluna nakledilmiş ve arsası Karpuzlu Lisesi adına tapulanmıştır.
1999 Yılında yapımına başlanan Vakıfbank İlköğretim Okulu, üç ay gibi kısa bir süre içerisinde aynı yılda tamamlanmış ve bu binanın 3. Katı Karpuzlu Lisesi' ne tahsis edilmiştir. Okulumuz, 2007-2008 eğitim öğretim yılında okulların kapandığı 13 Haziran 2008 tarihine kadar eğitim öğretim faaliyetlerini bu binada sürdürmüştür.
Şehit Şenol Akar İlköğretim Okulu önünde ve 6680m² arsa üzerinde yer alan mevcut binamızın yapımına; Aydın Valiliği Bayındırlık Ve İskân Müdürlüğü tarafından 2007/43607 ihale kayıt numarası ile ihale edilerek AYDIN İLİ KARPUZLU İLÇESİ MERKEZ İLKÖĞRETİM OKULU inşaatı adıyla başlanmıştır. İhale şartnamesi gereği yer tesliminden itibaren 120 takvim gününde bitirilmesi gereken bina inşaatının yapımı 2007 yılı sonuna doğru tamamlanmıştır.
İki katlı ve on iki derslikli Karpuzlu Merkez İlköğretim Okulu Binası adıyla yapımı gerçekleştirilen bu yeni okul binası, Aydın Valilik Makamının 11.09.2008 tarihli ve 29813 sayılı olurları ile Okulumuz Karpuzlu Lisesine tahsis edilmiştir. Okulumuz tarafından kullanıma uygun hale getirilebilmesi amacıyla binamızda, Karpuzlu Belediyesinin katkılarıyla gerekli tadilat çalışmaları yapılmıştır. Bunun sonucunda da 2008 yılı Ağustos ayında taşınma işlemlerine başlanmıştır. Taşınma işlemlerinin aynı ayın sonuna kadar tamamlanmasının ardından, 1-5 Eylül 2008 tarihlerinde 2007-2008 Eğitim Öğretim Yılı Eylül Dönemi Ortalama Yükseltme ve Sorumluluk Sınavlarının yapılmasıyla, Okulumuz Karpuzlu Lisesinin eğitim öğretim faaliyetleri, 01 Eylül 2008 tarihinden itibaren fiili olarak bu yeni binasında başlamış oldu. Okulumuz 04.06.2013 tarihinden itibaren Karpuzlu Anadolu Lisesine dönüştürülmüştür.
Okulumuzun mevcut arsa alanı (Tapudaki) 6.680m², okulumuzun kullandığı alan 6.680m² olup, Parsel No:1645, Pafta No:2 olan arsanın 1246m²' si okul binası, 5434m²' si bahçe olarak kullanılmaktadır.
Okulumuz, Karpuzlu ilçesi Bayraktepe Mahallesi, Mehmet Yavaş Caddesi Numara 10' da hizmet vermektedir. Okulumuzun Mevcut Öğrenci Sayısı 134, şube sayısı ise 10'dur.
2019-2020 yılı okulumuzda toplam 18 kadrolu, 5 görevlendirme öğretmen ve 2 Yardımcı Hizmetler sınıfı personel çalışmaktadır. 09/09/2019
